Το 1999, αποφασίζεται, από το Σωματείο «Οι Φίλοι του Μουσείου Μακεδονικού Αγώνα», η δημιουργία ιδρύματος με τίτλο «Ίδρυμα Μουσείου Μακεδονικού Αγώνα» (ΙΜΜΑ). Παραχωρείται σε αυτό το μεγαλύτερο μέρος της περιουσίας του και όλων των κειμηλίων, ενώ το Σωματείο συνεχίζει τη λειτουργία του με σκοπό την υποστήριξη του ΙΜΜΑ. Το Ίδρυμα αναλαμβάνει το κύριο βάρος, αφενός της διατήρησης και διάδοσης της μνήμης των αγώνων του ελληνισμού για την απελευθέρωση της Μακεδονίας και ιδιαίτερα του Μακεδονικού Αγώνα, και αφετέρου την επιστημονική μελέτη της νεότερης και σύγχρονης ιστορίας της Μακεδονίας.