Η βιβλιοθήκη του ΚΕΜΙΤ έχει συγκροτηθεί κυρίως από δωρεές. Περιλαμβάνει περίπου 3.000 τόμους οι περισσότεροι από τους οποίους αναφέρονται στην ιστορία και τον πολιτισμό της Μακεδονίας. Ανάμεσά τους ξεχωρίζουν η συλλογή του περιοδικού Μακεδονική Ζωή και αυτή του Τηλέμαχου Κατσουγιάννη. Η βιβλιοθήκη διαθέτει σχεδόν πλήρεις σειρές των περιοδικών: Μακεδονικά, Ελληνικά, Balkan Studies, Μακεδονική Ζωή, Αριστοτέλης, Ηπειρωτική Εστία, Χρονικά της Χαλκιδικής, Ελιμειακά, Δυτικομακεδονικά Γράμματα, Μακεδονικός Αγών, Macedonian Review, και φύλλα των βουλγαρικών εφημερίδων Narodna Volja, Otechestvo (1909).