Οι εκδόσεις καλύπτουν ένα σημαντικό μέρος των επιστημονικών δραστηριοτήτων του ΙΜΜΑ και του ΚΕΜΙΤ και θεματικά αποτυπώνουν τη διαχρονική εξέλιξη του Μακεδονικού Ζητήματος από τον 19ο έως τον 21ο αιώνα. Περιλαμβάνουν επιμελημένο και σχολιασμένο αρχειακό υλικό από ελληνικά και ξένα αρχεία, επιμελημένα απομνημονεύματα και Ημερολόγια Μακεδονομάχων, μονογραφίες για το Μακεδονικό Ζήτημα και για τις διάφορες φάσεις αυτού, καθώς και εκδόσεις και συλλογικούς τόμους για τις στρατιωτικές, διπλωματικές, οικονομικές, κοινωνικές, και πολιτισμικές εξελίξεις στον μακεδονικό χώρο. Λευκώματα, ειδικότερες εκδόσεις για τον Μακεδονικό Αγώνα, για τους Βαλκανικούς Πολέμους, για τον Α΄ και Β΄ Παγκόσμιο Πόλεμο και τη μνήμη τους, για τη Θεσσαλονίκη της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας, αλλά και για τη Θεσσαλονίκη του ελληνικού κράτους, για τη Μακεδονία μέσα από τη λογοτεχνία και την ποίηση, για τη Μακεδονία του Παύλου Μελά και των ανώνυμων ανθρώπων, όπως και σημαντικές εκδόσεις για παιδιά περικλείουν ενδεικτικά και μόνο τα αποτελέσματα μίας σημαντικής και πολύχρονης εκδοτικής προσπάθειας, για την ευόδωση της οποίας εργάστηκε το επιστημονικό προσωπικό του ιδρύματος, καθώς και εξωτερικοί συνεργάτες.